FLORENCE PARAT, PhD Student - Génétique des populations,

Technische Universität München

La thèse est pour moi un réel avantage et cela m'ouvrira des portes qui m'étaient peut-être fermées avant

Se spécialiser en protection des plantes, un intermédiaire entre biologie et modélisation ? Réaliser une thèse en Allemagne sur la génétique des populations ? L'estimation des paramètres démographiques de populations domestiquées en se basant sur des données génétiques ? Travailler en génétique, un secteur qui bouge beaucoup ?

2009 - 2012
Student, INA P-G (2009)

 

Février 2011 - Mars 2011

Stagiaire, CTIFL - Centre Technique Interprofessionnel des Fruits et Légumes

Mars 2012 - Septembre 2012

Stagiaire, INRA

Décembre 2012 - Aujourd'hui

PhD Student, Génétique des populations, Technische Universität München

Au cours de votre formation à AgroParisTech, vous partez très vite à l’étranger en faisant le choix d’un Erasmus. En quoi cette première expérience en Allemagne a-t-elle influencé la suite de votre parcours ?

Je suis entrée à l’agro en passant les concours B, après un premier enseignement à l’université. Au cours de mon cursus à AgroParisTech, je suis partie en Erasmus en Allemagne ce qui a surement facilité le fait que je travaille aujourd’hui à Munich ! Cet Erasmus à Bonn était vraiment une super expérience !

J’ai toujours bien aimé les matières assez théoriques, comme l’écologie des populations ou l’épidémiologie. Pendant mon Erasmus, j’avais suivi des enseignements en modélisation de l’économie. Quand je suis rentrée en France, l’idée de poursuivre dans cette voie-là me plaisait, mais, en même temps j’étais venue en agro car j’aimais avant tout la biologie. J’étais assez tiraillée dans mes choix.

Finalement, j’ai choisi protection des plantes car je trouvais que c’était un bon intermédiaire entre biologie pure et modélisation, et je suis très contente d’avoir fait ce choix. Cette spécialité est une spécialité tournante entre Rennes, Montpellier et Paris, cela m’a permis de voir des groupes de recherche différents avec des professeurs différents et de rencontrer des élèves de différentes écoles. C’était vraiment très enrichissant. J’ai réalisé mon stage de fin d’étude en protection des plantes à Rennes pour l’INRA. Mon stage comprenait un peu de modélisation et d’analyse économique.

 

Pourquoi avez-vous choisi de faire une thèse ? La destination était-elle un critère de choix ?

J’ai vu une offre pour une thèse à Munich, j’ai postulé sans être trop sûre de ce que je voulais. Ce que je savais c’est que je voulais combiner mes précédentes expériences (en protection des plantes et modélisation) et quelque part, le sujet de la thèse me permettait d’approfondir l’aspect modélisation tout en restant dans le végétal.

Cette thèse était l’opportunité de découvrir quelque chose d’encore différent : la génétique des populations. Je n’étais pas spécialiste sur le sujet, mais, je pense que la formation agro m’a aidée. D’une part, nous avions abordé ce thème en cours, et même si nous n’étions pas allés en profondeur, le sujet ne m’était pas non plus totalement étranger mais surtout, l’agro m’a appris à apprendre vite et à m’adapter.

 

Enfin, la destination m’était assez égale ! Bien sûr, il est plus facile de partir dans un pays dont on connait la langue, c’est souvent plus facile de s’intégrer même si on peut toujours se débrouiller avec l’anglais.

 

Quel est le sujet de votre thèse ?

 

Celui-ci a beaucoup évolué depuis le début de ma thèse. Actuellement, je travaille sur différentes méthodes d’estimation de paramètres démographiques sur des populations domestiquées en me basant sur des données génétiques.

Sur une population de plantes, nous pouvons séquencer le génome de dix individus et à partir de ces séquences, déduire des informations sur l’histoire de la population ! Pour comprendre comment le génome de dix individus donne des informations sur le passé de toute la population, prenons l’exemple de la diversité : si les individus présentent une forte diversité, ils ne sont probablement pas de la même famille, nous pouvons en déduire que la population est grande, et inversement.

Lorsque nous cherchons à obtenir des informations sur une population dans le temps, il faut faire attention à une chose : nos résultats portent seulement sur les individus qui ont contribué génétiquement à la population actuelle.  Dans mon cas, nous travaillons sur des populations domestiquées, il faut donc que cela soit intégré. Par exemple dans un système domestiqué, si une vache donne beaucoup de lait, elle sera sélectionnée et choisie pour porter plusieurs fois une descendance. Mais la plupart des veaux de la population actuelle ne se reproduiront jamais.

 

Vous travaillez sur des méthodes d’estimation de paramètres démographiques, vous basez-vous sur des méthodes préexistantes ou en créez-vous de nouvelles ? Ces méthodes sont-elles simples ?

 

Beaucoup de méthodes existent déjà, nous pouvons souvent les reprendre pour les optimiser. Cependant, cela n’est pas toujours possible, parfois aucune méthode n’existe ou bien les méthodes existantes sont trop anciennes et ne sont donc pas adaptées aux nouveaux types de données.

On pourrait penser intuitivement que travailler sur une population domestiquée serait plus simple, dans les faits ce n’est pas le type de population qui est généralement étudiée, les modèles couramment développés sont souvent adaptés aux populations naturelles.

 

 

L’intérêt de votre thèse est de comprendre l’histoire.  Quelle sont les utilités et les applications d’un tel thème ?

 

Tout d’abord, c’est intéressant en soi (rire). Dans un deuxième temps, cette étude permet d’identifier des sites génétiques qui ont été sélectionnés par la sélection naturelle. Une des méthodes courantes pour faire cela, est de comparer ce qui se passe sans sélection, ce qu’on observe. Pour cela, il est nécessaire de connaître la démographie du modèle neutre (sinon les résultats seraient biaisés, la démographie peut avoir des effets similaires à ceux de la sélection). Les sites sous sélection ont une grande utilité.

Par exemple, une équipe voisine travaille sur la tomate sauvage et regardent son adaptation au froid, à la sécheresse ou à des maladies. Si nous connaissons les sites sous sélection de ces populations-là, cela permettrait de déterminer des croisements à faire pour obtenir une tomate cultivée tolérante au froid, à la sècheresse... Les applications existent, même si ce que je fais aujourd’hui est assez théorique.

Derrière votre ordinateur, comment travaillez-vous ?

Pour l’instant, derrière mon ordinateur, je programme. Je suis plutôt dans la théorie et dans la modélisation. Avant même d’avoir des données, je crée un modèle, je le teste sur des données que je simule, puis une fois que le concept fonctionne, je récupère les données et je les analyse.

A partir d‘une bonne idée, on peut développer un modèle scientifique, que l’on intègre ensuite dans un logiciel efficace et cette étape peut prendre beaucoup de temps, particulièrement pour moi qui ne suis pas informaticienne ! J’ai appris sur le tas, et aujourd’hui j’essaie de m’entourer des bonnes personnes. C’est un travail d’équipe : nous partageons et mutualisons nos compétences. Il y a beaucoup d’échanges, de discussions, c’est ce que j’aime bien dans la génétique des populations : c’est très interdisciplinaire. Entre le moment où l’on séquence un individu et le moment où on utilise les données, il y a beaucoup de travail. Il y a plein de techniques différentes, plus ou moins chères et plus ou moins fiables.

 

La génétique, un secteur qui bouge beaucoup ! Comment gérer cette évolution continue ?

Il faut toujours discuter, être à jour et s’intéresser à ce qui se fait partout dans le monde. Rien ne se fait en un jour, généralement l’information circule lors de la conduite de la recherche, il y a des présentations en conférence.

En revanche, lorsque la recherche est faite au niveau d’une entreprise, là c’est un peu différent. Par exemple, on sait que certaines entreprises avaient déjà séquencé le génome de certaines espèces bien avant que cela ne soit publié par des chercheurs de la recherche publique. Dans le privé, les chercheurs n’ont pas forcément intérêt à dévoiler leurs résultats !

 

La publication est-elle un aspect important dans votre université ?

 

Dans notre université, il existe une règle : pour soumettre sa thèse, il faut avoir au moins une publication. Il y a également un système particulier qui se développe de plus en plus : la thèse par article, c’est-à-dire qu’au lieu de rédiger une thèse de A à Z, on assemble les articles que l’on a publiés et on rédige seulement une introduction, une conclusion et quelques liens. Il est vrai que ce système permet d’alléger la quantité de travail qu’en fin de thèse. Bien sûr, nous pouvons choisir ce mode de fonctionnement seulement si nous avons publié au moins deux ou trois articles. Il y a des domaines dans lesquels il est plus ou moins facile de publier, par exemple en mathématiques, ça peut être très long !

 

Quelle est l’image d’AgroParisTech à l’étranger ? Quels sont les avantages de la thèse dans cette optique ?

 

Je pense que ce n’est pas très facile de vendre AgroParisTech à l’étranger. C’est vrai qu’en France, la réputation de l’école dans le domaine de la biologie n’est pas à faire, mais à l’étranger, quand tu sors d’AgroParisTech, tu as un master en agronomie et c’est tout. Les recruteurs, ne savent pas forcément ce dont tu es capable, tes domaines de connaissance et ton niveau. La thèse, elle, est plus universelle dans la signification et permet de cerner facilement mes domaines d’expertise. Evidemment ma thèse n’est pas qu’une ligne sur mon CV, mais c’est pour moi un réel avantage et cela m’ouvrira des portes qui m’étaient peut-être fermées avant.

 

 

Que pouvez-vous nous dire sur la recherche en Allemagne ?

 

Ce n’est vraiment pas désagréable (rire). Nous avons un grand confort pour travailler ici en Bavière (c’est aussi lié à la richesse de ce Land). Le matériel fonctionne, nous ne sommes pas entassés dans des bureaux, si nous avons besoin de quelque chose, nous demandons et généralement ça marche. On sent qu’il y a des moyens et cela facilite les choses. Après, en ce qui me concerne, je travaille toute la journée sur un ordinateur donc je n’ai pas besoin de grand-chose !

A Munich, il y a principalement deux universités qui sont bien reconnues, ce qui est vraiment une chance. Cela favorise le brassage interculturel car il y a des personnes du monde entier ! Simple exemple : dans mon équipe nous sommes dix et il y a cinq nationalités différentes, j’ai rarement vu ça dans des groupes en France et c’est tellement enrichissant.

 

Avez-vous des idées sur la suite de votre parcours une fois votre thèse terminée ?

 

J’ai des idées, oui ! J’ai fait tous mes stages en recherche, donc j’ai envie de tester le monde de l’entreprise. Ici, je peux complètement, après une thèse ou un post-Doc, partir en entreprise, alors qu’en France, très vite l’étiquette « thèse » reste et il est assez rare de voir des personnes qui ont toujours travaillé dans le monde de la recherche publique partir ensuite dans une entreprise privée !

Je cherche quelque chose qui me permettrait d’appliquer si possible ce que j’ai fait en thèse et en master. Lorsque j’ai fait mon Erasmus en Allemagne, je me suis rendue compte d’une chose, en France nous sommes très jeunes lorsque nous sortons d’école, nous terminons notre master ou notre école d’ingénieur vers 23 ans. Ici, beaucoup d’étudiants commencent leur thèse à 30 ans ! Je me dis qu’il ne faut pas se stresser, j’ai le temps d’essayer quelque chose et si cela ne me convient pas, j’ai encore le temps de changer.

Aujourd’hui : À la fin de ma thèse en 2016, j’ai concrétisé mon souhait de travailler en entreprise. Je travaille maintenant aux Pays-Bas pour Bejo Zaden, une société de semences légumière. 

Munich - génétique des population - modélisation - protection des plantes - Allemagne - thèse

Laissez un commentaire

Contactez-le

  • LinkedIn Social Icon